С 1935 года по начало 1950-х года на территории Бутовского полигона совершались массовые расстрелы и захоронения: по официальным данным, в период с августа 1937 по октябрь 1938 года здесь расстреляно 20 765 человек.
Архитектура
Храм на Бутовском полигоне выстроен в традиции шатровой архитектуры. Наиболее близким по облику является деревянный трёхшатровый собор в Кеми, который в какой-то мере явился прообразом храма в Бутове[9].
Архитектором М. Ю. Кеслером было предложено оригинальное решение: несколько углубить фундамент храма и обсыпать западную часть храма землей, чтобы создать впечатления холма. Теперь, чтобы попасть в реликварий, нужно спуститься вниз по лестнице, как это обычно делается при спуске в крипту, где в греческих храмах хранятся останки святых[9].
Первый этаж храма посвящён памяти страданий новомучеников и исповедников Российских. В притворе храма на стенах расположены предсмертные фотографии пострадавших в Бутове. На двух витринах под снимками находятся вещи, изъятые из погребального рва во время раскопа 1997 года — обувь, детали одежды, резиновые перчатки, стреляные гильзы и пули. На стенах размещено более пятидесяти икон бутовских святых. На двух западных столбах помещены шесть икон иерархов, пострадавших в Бутове во главе с митрополитом Серафимом (Чичаговым).